本研究所設立宗旨，為結合電機、電子、機械、資工、控制、材料和光電等跨領域科技，應用半導體及光電所研發之驅動器與感測器，及精密加工、設計定位、控制、製造和檢測技術，來發展機電整合技術與系統，並積極利用地緣關係，進行產學合作研究與教育，以培具有實務經驗與理論基礎之高級研發人才。本研究所發展重點如下：
一、「微機電系統」
1.	微機電系統研發與製造
2.	微機構設計
3.	微細加工與控制系統
4.	半導體感測元件及光電之研發與應用
5.	奈米加工技術與量測
6.	醫工及復健輔具研發與製造
二、「精密機械製造與自動化系統」
1.	智慧型製造系統
2.	智慧型控制系統與感測元件
3.	IC封裝自動化技術
4.	機電整合與自動化工程系統
5.	快速原形加工與逆向工程系統
三、「再生能源電能運轉控制技術」
1.	高效率電力電子應用技術，發展低污染能源及再生能源之技術及設備。
2.	應用振動、微波、DSP微控制器等發展高效益電機設備維護及其檢測與監控技術
3.	發展智慧型控制流程改善汽電共生等電力運轉、配電調度、保護協調等功能
4.	高效率馬達與驅動裝置之省能技術